Phenicusa, questo è l'antico nome dell'isola derivato dall'enorme quantità di felci presenti sull'isola.

Geologicamente la più antica delle Eolie, i primi abitanti lasciarono tracce circa 4.000 anni fa.

Si stabilirono in riva al mare, dove costruirono con grossi ciottoli alcune capanne ovali, forma alquanto atipica per il periodo.

Ancora oggi realizzando un'escursione lungo Piano di Porto sono visibili i resti di circa 25 capanne.

Filicudi è detta l'isola dei misteri.

Il primo riguarda gli abitanti delle penisola di Capo Graziano, promontorio posto a sud-est, collegato al resto dell'isola da una stretta lingua di terra.

Intorno al XVI sec. a.C., si rifugiarono in cima alla vicina Montagnola, quasi inaccessibile e meglio difesa… Ma da chi?

Il secondo mistero riguarda invece la scomparsa dell'uomo preistorico eoliano.

Gli scavi rivelano il repentino annientamento dei villaggi, le cui cause sono ancora ignote…

L'isola è costituita da tre centri abitati: Filicudi porto sito all'interno di una baia semicircolare, Valdichiesa sull'altopiano e Pecorini a Mare.

Alcune zone di un fascino mozzafiato sono raggiungibili solo via mare…

Esempi sono la Grotta del Bue Marino un tempo abitata dalla foca monaca e lo scoglio La Canna, un faraglione scosceso che si erge per 70 metri ad ovest dell'isola.